The present specification provides methods, compound libraries and simulation systems for performing in situ patterned chemistry. Also, methods, systems and assays involving the use of synthesized compound libraries, which increase the protein space explored in a knowledge-based manner, characterize antibody-target interactions (identify target proteins of antibodies Providing, characterizing the antibody binding region in the target protein, identifying linear and structural epitopes in the target protein, and determining the nature of the antibody binding to the target protein.本明細書は、インサイチュでパターン化された化学を実行するための方法、化合物ライブラリーおよびシミュレーションシステムを提供する。また、合成された化合物ライブラリーの使用を含む方法、システムおよびアッセイ（これは知識ベースの様式で探索されるタンパク質空間を増加させる）が、抗体－標的相互作用を特徴付ける（抗体の標的タンパク質を同定すること、標的タンパク質における抗体結合領域を特徴付けること、標的タンパク質における直鎖状エピトープおよび構造エピトープを同定すること、および標的タンパク質に結合する抗体の性質を決定することを含む）ために提供される。
