PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a magnetic resonance imaging apparatus capable of setting a reference point of a coordinate system, and to provide a method for setting a reference point, and a program.SOLUTION: After determining a position of a temporary reference point PR, a head part 14a of a subject 14 is imaged. Then a brain 14b is extracted from the image data of the head part 14a of the subject 14 to determine a new reference point PN based on the relative positional relationwhip of the standard model MB of the brain and the reference point PN, After that, the temporary reference point PR is replaced with the new reference point PN to update the human body coordinate system. After renewing the human coordinate system, a slice S is set based on the coordinate value renewed image data.COPYRIGHT: (C)2011,JPO&INPIT【課題】座標系の基準点を設定することが可能な磁気共鳴イメージング装置、基準点設定方法、およびプログラムを提供する。【解決手段】仮の基準点PRの位置を決定した後、被検体14の頭部14aを撮影する。その後、被検体14の頭部14aの画像データから、脳14bを抽出し、脳の標準モデルMBと基準点PNとの相対的な位置関係に基づいて、新たな基準点PNを決定する。その後、仮の基準点PRを、新たな基準点PNに置き換え、人体座標系を更新する。人体座標系を更新した後、座標値が更新された画像データに基づいて、スライスSを設定する。【選択図】図14