本发明提供了一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。所述特异性PCR分子标记包括引物P5和引物P9,引物P5的上游引物的序列如SEQ ID NO:1所示,引物P5的下游引物的序列如SEQ ID NO:2所示,引物P9的上游引物的序列如SEQ ID NO:3所示,引物P9的下游引物的序列如SEQ ID NO:4所示。所述检测方法包括DNA提取、PCR扩增和结果分析三个步骤,使用所述检测方法,无需等待一整个生长季节即可对水稻GW5/qSW5基因型进行检测,进而从基因型得到该水稻幼苗的粒宽和粒重等重要信息,极大的缩短了育种周期,并且因为基因型不受环境影响,也大大提高了育种的效率。