本发明提供了一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。所述特异性PCR分子标记包括引物P5和引物P9，引物P5的上游引物的序列如SEQ ID NO：1所示，引物P5的下游引物的序列如SEQ ID NO：2所示，引物P9的上游引物的序列如SEQ ID NO：3所示，引物P9的下游引物的序列如SEQ ID NO：4所示。所述检测方法包括DNA提取、PCR扩增和结果分析三个步骤，使用所述检测方法，无需等待一整个生长季节即可对水稻GW5/qSW5基因型进行检测，进而从基因型得到该水稻幼苗的粒宽和粒重等重要信息，极大的缩短了育种周期，并且因为基因型不受环境影响，也大大提高了育种的效率。
