There is provided methods and compositions to diagnose, classify and treat inflammatory bowel disease including ulcerative colitis and Crohn's disease by measuring the levels of certain bacterial taxa and proteins collected from the gut.L'invention concerne des procédés et des compositions pour diagnostiquer, classer et traiter des maladies intestinales inflammatoires, notamment la recto-colite hémorragique et la maladie de Crohn, en mesurant les niveaux de certains taxons bactériens et protéines prélevés à partir de l'intestin.