本发明是一种稻瘟病抗性基因Pi9基因特异性分子标记Pi9FNP,通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出的核苷酸序列I,用限制性内切酶Hae II对前述核苷酸片段I进行酶切后,所获得的与非稻瘟病抗性基因Pi9呈特异性带型的核苷酸片段II。本发明还公开了稻瘟病抗性基因Pi9特异性分子标记Pi9FNP的检测方法与用途。本发明提供的分子标记特异性高,能明显地将Pi9与存在于该基因组区域内非Pi9基因进行区分。本发明提供的分子标记在实际应用中,只需PCR结合酶切,成本低、通量高、加上特异性高(即准确度高),特别适用于生产实践中。