The present invention provides a method of producing a personalized neoplastic vaccine for a subject diagnosed as having a neoplasm, the method comprising identifying a plurality of mutations in the neoplasm, Identifying a subset of at least five neoantigenic mutations predicted to encode a neoantigenic peptide by analyzing the mutation, wherein the neoantigenic mutation comprises a missense mutation, a neo-ORF mutation, and A step selected from the group consisting of any combination of: and creating a personalized neoplastic vaccine based on the identified subset.本発明は、新生物を有すると診断された対象用の個別化された新生物ワクチンを製造する方法を提供し、この方法は、新生物における複数の突然変異を同定するステップと、複数の突然変異を分析するステップにより、ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも5つのネオ抗原突然変異のサブセットを同定するステップであって、ネオ抗原突然変異が、ミスセンス突然変異、ネオORF突然変異、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるステップと、同定されたサブセットに基づき、個別化された新生物ワクチンを作製するステップとを含む。