本发明公开了一种水稻根系长度相关蛋白及其编码基因与应用，该蛋白的氨基酸序列如序列表SEQ ID NO：2所示，属于β-1,4葡聚糖内切酶家族，与根系长度相关；该蛋白的编码基因如序列表SEQ ID NO：1所示的碱基序列，该碱基序列若发生突变，如1591bp位的鸟嘌呤被胸腺嘧啶取代，编码的蛋白的531位Gly变为Trp，如1546bp位的鸟嘌呤被胸腺嘧啶取代，编码的蛋白的516位Gly变为Arg，如178bp位腺嘌呤被胸腺嘧啶取代，导致蛋白质合成的提前终止，这样该蛋白就抑制节间细胞的伸长和细胞壁纤维素合成，具体在植株表现为短根系，突变体根长只有正常野生型根长的20%左右。该蛋白及其编码基因的应用，可以为水稻的根系改良和杂交育种或转基因植物的开发创造了条件。
