The present invention provides an improved method of preparing Fondaparinux sodium, including converting a compound of formula ABCDE4 to Fondaparinux sodium at a reaction pH of about 9.0 or less. In some embodiments, intermediates for the synthesis of Fondaparinux sodium are also provided.본 발명은 약 9.0 이하의 반응 pH에서 화학식 ABCDE4의 화합물을 폰다파리눅스 소듐으로 전환시키는 것을 포함하여 폰다파리눅스 소듐을 제조하는 개선된 방법을 제공한다. 일부 구체예에서, 폰다파리눅스 소듐의 합성을 위한 중간체가 또한 제공된다.