本发明涉及蛋白质工程技术领域,具体涉及一种兼具抗菌、抗炎、中和内毒素和免疫调节活性的多功能杂合肽及其制备方法和应用。本发明提供的杂合肽包含:肽I以及与肽I融合的肽II,其中,肽I的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,肽II的氨基酸序列如SEQ ID NO.2的第19~29位所示。该杂合肽同时具有抗菌、中和内毒素、免疫调节和抗炎功能,并且具有细胞毒性低、安全性高,制备方便、成本低廉的优势,可作为理想的抗菌剂、内毒素中和剂、免疫调节剂和抗炎剂,广泛用于人和动物的医药、食品、保健、饲料、营养等领域,具有很好的应用潜力和价值。