本发明提供了一种快速鉴定三疣梭子蟹遗传性别的分子标记Marker Sex 1及鉴定方法,所述分子标记Marker Sex 1具有如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。所述鉴定方法包括以下步骤:提取三疣梭子蟹肌肉组织的基因组DNA;以提取的基因组DNA为模板进行PCR扩增反应;对PCR扩增产物进行纯化、测序;将测序结果与所述分子标记的DNA序列进行比对,如果出现双峰则为雄性,如果出现单峰则为雌性。本发明所述鉴定方法操作简便快捷,对样品的要求低,鉴定结果准确性高,且不受组织特异性及环境的影响,对促进全雌或高雌性比苗种培育技术的建立具有重要的作用。