本发明公开了检测水稻广谱抗稻瘟病基因Pike的分子标记及其应用,属于分子生物学领域。本发明公开的分子标记为包含DNA片段1、2、3、4、6的分子标记CP‑G1328C,包含DNA片段1、2、4、5、6的分子标记CP‑G1328T,包含DNA片段1、2、4、6、7的分子标记CP‑G1328G’,DNA片段1‑7的序列分别如SEQ ID NO.1‑7所示。扩增这些分子标记的引物包括Pik‑F、Pik‑R、G‑F、C‑R、T‑R、G’‑R,各引物序列分别如SEQ ID NO.8‑13所示。本发明的分子标记或引物可用于水稻抗稻瘟病基因Pike等位基因类型鉴别、种质资源筛选和分子标记辅助选择育种。