本发明涉及一种检测水稻穗结构基因IPS1的特异分子标记及其检测方法,该分子标记为IPS1‑1;该方法得具体过程为:步骤a,DNA提取;步骤b,PCR扩增;PCR反应体系为15μL,含50m MKCI,10mM Tris‑HCI(pH8.8),0.1%Triton‑X,1.5mM MgCl2,200μM each of dNTPs,0.2μM of each primer,5%(v/v)dimethyl sulfoxide and 0.5U Taq DNA聚合酶;步骤c,PCR产物检测;扩增产物中加入上样缓冲液,取8μL上述样品于1.5%的琼脂糖凝胶,在100V的恒定电压下电泳1小时,利用凝胶成像系统成像观察;步骤d,获取IPS1基因。本发明分子标记可以用于鉴定待测材料是否在IPS1座位上含有丽江新团黑谷的控制穗结构的增效等位基因;能够改善穗部结构、优化一二次枝梗穗粒数比例、提高穗实粒数、增加水稻单产水平,同时提高稻米品质。