本发明公开了一种家蝇天蚕素-人溶菌酶融合蛋白及其制备方法和应用。本发明家蝇天蚕素-人溶菌酶融合蛋白的序列如SEQ ID NO:1所示。该融合蛋白包含家蝇天蚕素的成熟肽序列,多肽接头序列和人溶菌酶的成熟肽序列。本发明根据家蝇天蚕素和人溶菌酶基因序列,以大肠杆菌偏爱密码子设计合成引物,通过重叠延伸拼接(SOE)法进行PCR扩增,得到融合蛋白基因序列以构建重组原核表达质粒,再将其转入宿主细胞,获得表达融合蛋白的工程菌,经过发酵培养和分离纯化,得到本发明家蝇天蚕素-人溶菌酶融合蛋白。本发明融合蛋白融合了家蝇天蚕素和人溶菌酶各自的特点,具有较为明显的抑菌、抗菌活性,可用于制备抗菌或抑菌的药物,有广阔的应用前景。