The present invention relates to a preparation method of a condiment containing functional substances. More particularly, the present invention relates to a preparation method of a condiment containing functional substances, which comprises a step of coating condiments necessarily used to food such as sugar, salt, and MSG with a functional substance. Thus, the prepared condiment allows a user to easily intake functional substances helpful for strengthen the users health, thereby widely supplying pharmacological actions of functional substances.본 발명은 기능성 물질이 함유된 조미료 제조방법에 관한 것으로, 더 상세하게는 건강에 도움이 되는 기능성 물질을 손쉽게 섭취할 수 있도록 음식에 필수적으로 사용되는 설탕, 소금 및 MSG 조미료에 기능성 물질을 코팅하여, 기능성 물질의 약리작용을 널리 보급할 수 있는 기능성 물질이 함유된 조미료 제조방법에 관한 것이다.