本发明涉及一种K99-987P-F41重组蛋白,其氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明还提供了该重组蛋白的编码基因、制备方法以及在制备产肠毒素大肠杆菌疫苗中的应用。本发明将ETEC黏附素K99、987P、F41三段目的基因串联亚克隆至大肠杆菌原核表达载体pET30a(+)上,可用于制备大肠杆菌K99-987P-F41串联表达亚单位疫苗,一次免疫可以获得多种抗体,使用方便,克服了单价疫苗的缺点,同时由于只含有少数的表面蛋白,从而消除细菌许多不相关的抗原决定簇和粗提或半纯化制剂导致的副反应,具有安全性好和良好稳定性的特点,可以克服全菌灭活疫苗的缺点,具有亚单位疫苗特异性高的优势。