An underwater harmful organism capture device captures harmful organisms by means of a capture part poking target harmful organisms by driving force as the capture device is mounted to an underwater drone. To this end, the capture device comprises: a trap part having an internal space formed by packing a net with a frame, and including a through hole at one side of the internal space; and the capture part capturing the harmful organisms.본 발명의 수중 해적생물 포집장치는 틀 형태의 프레임에 그물이 포장되어 내부공간이 형성되고 상기 내부공간의 일측에 통공이 형성되는 통발부; 및 해적생물을 포획하는 채집부;로 구성된 포집장치가 수중드론에 탑재되어 운항 추진력에 의해 채집부가 표적한 해적생물을 찔러 채집한다.