Provided is a method for removing/inactivating virus in glycoprotein, which comprises one of the following steps or their combinations in random order: processing glycoprotein in organic solution by deposition and/or suspension stirring process filtering the glycoprotein through a microporous membrane purifying the glycoprotein by ion exchange chromatography.本発明は、沈殿形成及び/或いは懸濁液攪拌処理により、有機溶液中で糖タンパク質を処理する工程と、糖タンパク質に対し、ミリポア膜によるろ過を行う工程と、糖タンパク質に対し、イオン交換クロマトグラフィーを行う工程と、からなる群から選ばれた一つまたは順序が任意に交換可能な複数の工程を含む、糖タンパク質におけるウイルスを除去及び/或いは不活性化する方法を提供する。