本发明公开了一种伯克氏菌重组菌株,将伯克氏菌CCTCC NO:M2010207中序列如SEQ ID No:1所示的目的基因片段敲除或失活得到。本发明还公开了上述伯克氏菌重组菌株的构建方法,包括:将pJP5603质粒与目的基因片段进行双酶切,得到的酶切产物用DNA连接酶连接,得到重组质粒,再将重组质粒转入伯克氏菌中,得到伯克氏菌重组菌株。本发明构建菌株的方法较简单,制得的菌株生命力强、繁殖迅速、适应性强,且能高产杀菌活性物质cFP的。本发明还公开了上述伯克氏菌重组菌株在在生产抗小麦赤霉病菌活性化合物cFP和防治小麦赤霉病中的应用,其在农业、药品生产领域和生物工程领域中具有很好的推广前景。