本发明公开了蛋白GmHSFB2b在调控植物黄酮类化合物积累中应用。本发明提供了GmHSFB2b蛋白或其相关生物材料在调控植物黄酮类化合物积累中的应用;GmHSFB2b蛋白为SEQ ID No.1所示蛋白或其经一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,或序列具有99%以上、95%以上、90%以上、85%以上或者80%以上同源性且具有相同功能的蛋白,或其N端和/或C端连接标签后得到的融合蛋白。本发明证明GmHSFB2b过表达后提高植物种子、叶和根中黄酮类化合物含量。本发明对提高作物异黄酮成份、特别是对于提高大豆等植物籽粒中黄酮类化合物成份,培育高黄酮类化合物品种具有重要的理论和现实意义。