本发明提供了一种用于鉴定烟草对南方根结线虫抗性的重组载体,是由SEQ ID NO.1所示序列通过5’Notl和3’Sall克隆至载体pND108获得。同时公开了该重组载体的构建方法。本发明利用烟草抗南方根结线虫基因与抗PVY‑MSNR基因紧密连锁的特征,且PVY‑MSNR复制酶是烟草叶片接种PVY‑MSNR病毒后在抗南方根结线虫品种上产生枯斑的诱导因子。通过人工合成PVY‑MSNR株系复制酶基因,构建PVX病毒瞬时表达载体,建立新的烟草抗根结线虫病品种基因鉴定技术体系。通过直接接种PVX‑NIB病毒,使叶片产生枯斑证明烟株存在抗PVY‑MSNR基因,从分子水平上确定其抗根结线虫,该鉴定体系比目前现有的两种鉴定方法的准确性高。