本发明公开一种棉花非编码RNA干旱适应性调节基因GhDAN1(Drought affective non‑coding gene 1),其序列在四倍体陆地棉(G.hirsutum)TM‑1A亚组中如SEQ ID NO.1所示,在四倍体陆地棉(G.hirsutum)TM‑1D亚组中如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示;在亚洲棉(G.arboreum)中如SEQ ID NO.4所示,在雷蒙徳氏棉(G.raimondii)中如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。本发明所述基因GhDAN1可以参与棉花干旱耐受适应性分子调控,VIGS沉默GhDAN1植株光合速率高、呼吸速率低、气孔导度低、水利用效率高。