本发明涉及一个与ZYMV抗性基因共分离的InDel分子标记,命名为InDel‑zym1,由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成;其中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段与抗性基因共分离,SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段与感病基因共分离。本发明的InDel分子标记具有高稳定性,可以简便、快速、高通量的应用于黄瓜苗期ZYMV抗性单株的辅助筛选;根据SEQ ID NO.5与SEQ ID No.6所示,由插入/缺失突变造成的抗性候选基因DNA长度的差异,还可以设计多对共显性的InDel标记作为ZYMV抗性筛选的分子标记。本发明的InDel标记为ZYMV抗性的分子标记辅助育种奠定了基础,这将大大加快黄瓜ZYMV抗性分子育种的进程。