本发明提供了检测非洲菊花序发育基因表达的基因芯片及其应用,属基因芯片技术领域。本发明的基因芯片是在固相载体表面固定有探针和阴性对照、阳性对照,其所述探针选自具序列SEQIDNO.1至SEQ ID NO.50所示的核苷酸序列;其阴性对照的阴性标记探针为人β-actin基因;其阳性对照的阳性标记探针中A为AF456789,B为AJ236200。本发明还提供了所述基因芯片在检测非洲菊在不同花序发育时期的基因表达和不同肥料处理的非洲菊花序材料不同发育时期的基因表达上的应用。通过本发明的基因芯片对非洲菊花序发育相关基因表达的检测,可为非洲菊生产中肥料的合理施用和非洲菊的基因功能分析及生物技术育种提供依据。