本发明公开了一种调控水稻叶绿素合成的蛋白质及其编码基因与应用。该蛋白是具有SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列。该蛋白质的编码基因具有SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列。该水稻叶绿素前体合成相关蛋白编码基因发生突变可导致水稻植株叶片出现黄斑纹叶,突变严重的甚至导致白化苗死亡。在正常植株中利用Crisp/cas9基因编辑技术敲除该基因,可使正常绿色植株表型突变为白化苗,三叶期后死亡。将其应用于植物遗传改良等工作,是重要的指示基因,可作为目的基因应用于杂交水稻制种。尤其在两系杂交水稻制种中,一方面可以在苗期快速方便检测杂交后代F1的纯度。同时在种植杂交水稻过程中,在苗期可将携带目的基因的不育系黄化苗快速去除。