The method of controlling the medical devices and medical guidance system that can be achieved and improved control of the driving force of the improved medical devices. Magnetic field generating portion for generating a medical device and a magnet for generating a driving force by receiving a biological information acquiring unit for acquiring biometric information of a body cavity, a magnetic field applied from outside the body, a magnetic field to be applied to the magnet from outside the body and (101), shift amount detection unit for detecting a shift amount is an angle between the magnetization direction of the magnet and the field direction of the magnetic field generated the magnetic field generating unit (101) at the position of the medical device (105), provided, based on the amount of deviation, the magnetic field generator (101) is controlled.医療装置の駆動力向上および制御性向上を図ることができる医療用誘導システムおよび医療装置の制御方法を提供する。体腔内の生体情報を取得する生体情報取得部と、体外から作用する磁界を受けて駆動力を発生する磁石と、を備えた医療装置と、体外から磁石に作用させる磁界を発生する磁界発生部(101)と、磁石の磁化方向と、医療装置の位置における磁界発生部(101)により発生された磁界の磁界方向とのなす角度であるズレ量を検出するズレ量検出部(105)と、が設けられ、ズレ量に基づいて、磁界発生部(101)が制御される。
