本发明属于玉米基因工程领域，涉及一种控制玉米穗行数和穗粒数的DNA片段、分子标记与应用。得到一个控制玉米穗行数的主效QTL KRN4基因，其序列如SEQ ID NO：1所示。同时得到主效QTL KRN4基因的等位基因，它们的序列如SEQ ID NO：2-5所示。KRN4位点位于玉米第4染色体上，该位点控制玉米雌穗的穗行数和穗粒数等重要产量性状。通过相关试验证实KRN4通过影响下游ZmSBP30基因的表达，进而影响玉米穗行数、穗粒数、轴粗、单穗产量等产量性状，可明显增加玉米的行粒数和穗粒数，达到增产目的。还开发出相关的分子标记引物，可用于玉米的标记辅助选择。
