本发明涉及一种高抗草甘膦EPSP合酶,所述EPSP合酶是由SEQ ID NO.2氨基酸序列组成的蛋白、或多肽、或其保守性变异多肽、或其活性片段、或其活性衍生物,本发明还涉及编码高抗草甘膦EPSP合酶的基因,所述编码基因的核苷酸序列为SEQ ID NO.1;本发明进一步涉及上述高抗草甘膦EPSP合酶的应用,该应用是生成高抗草甘膦植株,并将EPSP合酶编码基因作为微生物或植物转基因细胞培养的筛选标记。本发明为改变植物的草甘膦抗性提供了新的途径,为改变现有优良农作物品种的草甘膦抗性提供可能,并将EPSP合酶编码基因作为微生物或植物转基因细胞培养的筛选标记,具有巨大的应用前景。