本发明涉及一种杀南方根结线虫的苏云金芽胞杆菌的活性物质及其应用,杀南方根结线虫的苏云金芽胞杆菌的活性物质为杀南方根结线虫的晶体蛋白基因cry9Aa-like,是一种杀虫晶体蛋白,分子量为98kDa。cry9Aa-like蛋白编码区由2223个碱基组成,具有序列表SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列;由741个氨基酸残基组成,具有序列表SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列。杀南方根结线虫的芽胞杆菌活性物质用于南方根结线虫的生物防治。杀线虫晶体蛋白Cry9Aa-like对南方根结线虫半致死浓度为5.92μg/mL;经灌根后的番茄根部根结数量大大减少,根系发达,防治效果为50%。