本发明提供了一种艰难梭菌毒素A/B的融合蛋白及其编码基因与应用,其中,艰难梭菌毒素A/B的融合蛋白的序列如SEQ ID NO:2所示;编码基因如SEQ ID NO:1所示。在本发明中,通过PCR扩增分段获得经密码子改造后的艰难梭菌毒素A羧基端基因与原核表达载体pET32b(+)组成的载体片段、艰难梭菌毒素B羧基端结构域与柔性链的融合基因片段,获得的融合片段及获得的载体分别酶切回收连接,获得重组表达质粒pET32b(+)-ToxA-ToxB,重组质粒转化表达宿主BL21(DE3)菌株后可被IPTG诱导表达得到艰难梭菌毒素A/B的融合蛋白。本发明的艰难梭菌毒素A/B的融合蛋白不仅可以获得同时带有毒素A和毒素B免疫原性的融合蛋白,而且还减少CDAD疫苗研发和生产的难度以及成本。