The present invention relates to a method for preparing a stem cell aggregate having improved engraftment, and a composition for preventing and treating ischemic disease, comprising a stem cell aggregate prepared by the method. More specifically, it was established that the present invention can be effectively used to prevent or treat ischemic disease by verifying that, when stem cells are suspension-cultured to construct a stem cell aggregate within a null-additive basal medium not containing bovine serum, which is derived from an animal, a buffer solution having deteriorated safety, and antibiotic components capable of increasing resistance, the stem cell aggregate produces a large amount of vasculogenic factors capable of improving the neovascularization of ischemic tissues, and when the stem cell aggregate is transplanted in the ischemic tissue, the engraftment ratio significantly increases compared with single cell transplantation.본 발명은 생착능이 증가된 줄기세포 응집체를 제조하는 방법, 및 이를 통해 제조된 줄기세포 응집체를 포함하는 허혈성 질환 예방 및 치료용 조성물에 관한 것으로, 구체적으로, 본 발명에서는 줄기세포를 동물 유래 성분인 우혈청과 안정성이 떨어지는 완충용액, 내성이 증가될 수 있는 항생제 성분 등이 전혀 포함되어 있지 않은 무첨가 기본 배지(basal medium)에서 부유 배양을 통해 줄기세포의 응집체를 구축할 경우, 상기 줄기세포 응집체가 허혈성 조직의 신혈관형성을 향상시킬 수 있는 혈관 신생 인자를 대량 분비하고, 상기 줄기세포 응집체를 허혈 조직에 이식할 경우 단일 세포 이식에 비해 조직 내 생착률이 현저히 증가됨을 확인함으로써, 본 발명이 허혈성 질환의 예방 또는 치료에 효과적으로 이용될 수 있음을 밝혔다.