Recombinant Bordetella pertussis strains derived from the parent strain Tohama are provided. This new strain is obtained by homologous recombination using the allelic exchange vector pSS4245, a vector that can replace part of the bacterial chromosome without leaving any minor mutations. Two mutations are introduced that replace the segment encoding PT subunit S1 and cause inactivation of the toxic activity of PT. This strain can be further modified to increase the expression level of rPT and / or PRN. A second copy of the ptx cluster of the five PT structural genes of the ptx-ptl operon having a promoter and a pt1 terminator and containing the mutations described above can be inserted at other positions of the chromosome. In addition, a second copy of the PRN gene can be inserted into the chromosome. In either case, the abandoned locus is selected as the insertion site to avoid introducing unwanted gene mutations.親株トハマに由来する組換えボルデテラ・パータシス株を提供する。この新しい株は、対立遺伝子交換ベクターpSS4245、即ち、如何なる副変異をも残さずに細菌染色体の一部の置換を行うことができるベクターを用いた相同組換えによって得られる。PTサブユニットS1をコードするセグメントを置換し、PTの毒性活性の不活性化を引き起こす2種の変異を導入する。この株を更に改変してrPT及び/又はPRNの発現量を増加させることができる。プロモーターとptlターミネーターを有し、上述の変異を含むptx-ptlオペロンの5種のPT構造遺伝子のptxクラスターの第2のコピーを染色体の他の位置に挿入することができる。更に、PRN遺伝子の第2のコピーを染色体に挿入することができる。いずれの場合においても、放棄された遺伝子座を挿入部位として選択して不要な遺伝子変異の導入を回避する。