一种人工合成的Bt抗虫基因FLIa及其制备方法和应用，属于抗虫蛋白及生物安全技术领域。该Bt抗虫基因FLIa的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其编码的蛋白的氨基酸序列如序列表中的SEQ ID NO:2所示。该Bt抗虫基因FLIa的制备方法为：将抗虫基因Cry1Ab的DomainⅠ和DomainⅡ与抗虫基因Cry1Ia的DomainⅢ进行交换融合，获得重组抗虫基因MCry1I；在重组抗虫基因MCry1I的基础上，在3’端连入抗虫基因Cry1Ja1的碳末端，得到重组抗虫基因FLMCry1Ia；对重组抗虫基因FLMCry1Ia进行密码子改造，获得Bt抗虫基因FLIa。该Bt抗虫基因FLIa可在转化植物中稳定遗传和表达，且表达量高，所得转基因植物抗虫性好。该基因转化玉米、棉花、水稻、蔬菜等农作物，使其具备相应的抗虫活性，从而降低农药的使用量，以减少环境污染和生产成本。
