本发明公布了一种鲤鱼肌内脂肪沉积相关的ACOX基因及其应用,是分别从鲤鱼的肝脏、肌肉组织中分离、克隆的鱼肌内脂肪沉积相关的酰基辅酶A氧化酶(acyl-Coenzyme A oxidase 1,palmitoyl,ACOX)基因,命名为ACOX-L,ACOX-M;分别为SEQ.ID.NO.1、SEQ.ID.NO.2;编码的氨基酸序列分别为SEQ.ID.NO.11、SEQ.ID.NO.21。鲤鱼肌内脂肪沉积相关ACOX基因在筛选脂肪含量高或者低的鲤鱼中的应用。本发明提供了一种与鲤鱼肌内脂肪沉积相关的ACOX基因,以及该基因编码的蛋白质,可以为今后筛选脂肪含量高或者低的黑色鲤鱼提供分子基础。