本发明涉及分子生物学,具体的说是一种适用于嗜热微生物遗传改造的基因元件及其载体和应用。元件为嗜热II型内含子元件TeI3c‑4c,其由序列表SEQ ID NO.1和2中核酸序列所示。利用所述嗜热微生物遗传改造的基因元件打靶载体应用于嗜热微生物中,进而使嗜热微生物基因靶向失活。本发明利用Thermotargetron应用于嗜热微生物的基于II型内含子的靶向基因失活工具。具有基因失活效率高、可轻松改变靶位点(打靶载体构建周期短)、宿主范围广(可用于革兰氏阳性、阴性细菌中)、无需营养缺陷筛选标记、对转化效率要求低、可对较短基因序列进行失活(100‑200bp)低等优点。