a presente invenção baseia-se no uso dos níveis de metilação de h3k9me2 em genomas de planta para prever o silenciamento do transgene, a estabilidade do transgene e/ou o nível de expressão do transgene. são fornecidos métodos e/ou sistemas para gerar mapas h3k9me2 de genoma completo e seu uso com um valor limite designado para prever o silenciamento de genes. os métodos e/ou sistemas aqui fornecidos podem ser usados em configurações de alto rendimento para triagem de grande número de eventos transformados em um período de tempo relativamente curto em comparação com as tecnologias existentes.