本发明公开了一株菇健蟹味菇GJ5菌株及其SSR标记引物和应用,所述菇健蟹味菇GJ5菌株的保藏编号为CCTCC M 2020506;所述SSR标记引物包括5对SSR特异性标记引物组合,所述5对SSR特异性标记引物组成了指纹图谱。所述应用的检测步骤如下:提取待测菌株的菌丝或者子实体的基因组DNA;进行SSR分子标记扩增;电泳检测;将电泳条带跟指纹图谱进行比对,与该指纹图谱一致的菌株即为菇健蟹味菇GJ5菌株。本发明与常规形态学检测、拮抗实验、出菇实验方法相比,具有检测时间短、准确度高、重复性好等优点,利用本发明构建的SSR指纹图谱能够将菇健蟹味菇GJ5菌株跟23个真姬菇主要栽培品种区分开来。