It is an object of the invention to provide for a method and system for estimating a displacement of an structure of interest. This object is achieved by a method according to a method for estimating a displacement of a structure of interest comprising the following steps performing a first and a second magnetic resonance imaging sequence on an structure of interest and acquiring a corresponding first and second signal, wherein the second magnetic resonance imaging sequence is a gradient echo sequence and reconstructing a first image from the first signal and reconstructing a second image from the second signal and performing an image registration between the first and second imageby using both magnitude and phase data of the second image estimating a displacement of the structure of interest between the acquisition of the first and second signal based on the registration between the first and second image.Un objet de linvention consiste à fournir un procédé et système pour estimer un déplacement dune structure dintérêt. Cet objet est atteint au moyen dun procédé destimation dun déplacement dune structure dintérêt comprenant les étapes suivantes : lexécution dune première et dune seconde séquence dimagerie par résonance magnétique sur une structure dintérêt et lacquisition dun premier et dun second signal correspondant, la seconde séquence dimagerie par résonance magnétique étant une séquence décho de gradient, la reconstruction dune première image à partir du premier signal et la reconstruction dune seconde image à partir du second signal, et lexécution dun enregistrement dimage entre la première et la seconde image en utilisant à la fois des données damplitude et de phase de la seconde image pour estimer un déplacement de la structure dintérêt entre lacquisition du premier et du second signal en se basant sur lenregistrement entre la première et la seconde image.