Memorial Sloan-Kettering Cancer Center;The Simons Center for Systems Biology at The Institute for Advanced Study;Wolchok, Jedd D.;Balachandran, Vinod P.;Icahn School of Medicine at Mount Sinai;Mergh
发明人:
申请号：
EP18741256.4
公开号：
EP3576781A1
申请日:
2018.01.18
申请国别(地区):
EP
年份:
2019
代理人:
摘要：
Systems and methods for determining the likely responsiveness of a human cancer subject to a checkpoint blockade immunotherapy regimen are provided. Sequencing reads are obtained from samples from the subject representative of the cancer. A human leukocyte antigen type and a plurality of clones is determined from the sequencing reads. For each clone, an initial frequency Xα in the one or more samples is determined and a corresponding clone fitness score of the clone is computed, thereby computing clone fitness scores. Each such fitness score is computed by identifying neoantigens in the respective clone, computing a recognition potential for each neoantigen, and determining the corresponding clone fitness score of the respective clone as an aggregate of these recognition potentials. A total fitness, quantifying the likely responsiveness of the subject to the regimen, is computed by summing the clone fitness scores across the plurality of clones.L'invention concerne des systèmes et des procédés pour déterminer la réactivité probable d'un sujet cancéreux humain à un schéma immunothérapeutique à blocage de points de contrôle. Des lectures de séquençage sont obtenues à partir d'échantillons issus du sujet et représentatifs du cancer. Un type d'antigène leucocytaire humain et une pluralité de clones sont déterminés à partir des lectures de séquençage. Pour chaque clone, une fréquence initiale Xα dans ledit au moins un échantillon est déterminée et un score de condition physique correspondant du clone est calculé, ce qui permet de calculer des scores de condition physique de clone. Le calcul de chaque score de condition physique s'effectue en identifiant des néoantigènes dans le clone respectif, en calculant un potentiel de reconnaissance pour chaque néoantigène, et en déterminant le score de condition physique correspondant du clone respectif en tant qu'agrégat de ces potentiels de reconnaissance. Une condition physique totale, quantifiant la réactivité probable du sujet
