method and system for three-dimensional thickness mapping of micro-layers and corneal diagnostics the techniques for improved diagnosis, treatment and monitoring of corneal pathologies use an improved mapping of the cornea or corneal regions, to develop the three-dimensional mapping of the corneal thickness, while maintains specific corneal microlayer thickness data. anterior and posterior surface identifications, along with surface vertex determinations, are used to record segmentation of these microlayers. 3d heat maps and polar maps are generated from the resulting thickness data. the maps provided enhanced assessment and diagnosis of corneal pathologies, such as keratoconus, marginal pellucid degeneration, post-refractive ectasia, keratogen, corneal transplant rejection and failed corneal transplant grafts, fuchs dystrophy, limbic stem cell deficiency corneal syndrome, dry eye syndrome and post-corneal collagen crosslink evaluation.método e sistema para mapeamento de espessura tridimensional de micro-camadas e diagnósticos corneais as técnicas para diagnóstico, tratamento e monitoramento aprimorados de patologias corneanas usam um mapeamento melhorado da córnea ou das regiões da córnea, para desenvolver o mapeamento tridimensional da espessura da córnea, enquanto mantém dados específicos de espessura de microcamada corneana. identificações de superfície anterior e posterior, juntamente com determinações de vértice de superfície, são usadas para registro de segmentação dessas microcamadas. mapas de calor 3d e mapas polares são gerados a partir dos dados de espessura resultantes. os mapas forneceram avaliação e diagnóstico aprimorados de patologias da córnea, como ceratocone, degeneração marginal pelúcida, ectasia pós-cirurgia refrativa, ceratogênio, rejeição de transplante de córnea e enxertos falhos de transplante de córnea, distrofia de fuchs, deficiência de células-tronco límbicas da córnea, síndrome do olho seco e avaliação de reticulação de colágeno pós-córn