A medical instrument sterilization system and method is provided. The system includes a sterilization container having a first container portion engagable with a second container portion to enclose an interior compartment from an exterior atmosphere. At least one insert is locatable within the interior compartment of the sterilization container, the at least one insert having a medical instrument holding area surrounded by a plurality of sidewalls, wherein the medical instrument holding area is sized to hold at least one medical instrument. A filter is secured within a wall of the first container portion, wherein the filter is in communication with the interior compartment and the exterior atmosphere.Linvention porte sur un système et un procédé de stérilisation dinstrument médical. Le système comprend un contenant de stérilisation ayant une première partie de contenant pouvant venir en prise avec une seconde partie de contenant pour renfermer un compartiment intérieur et lisoler dune atmosphère extérieure. Au moins un insert peut être situé à lintérieur du compartiment intérieur du contenant de stérilisation, le ou les inserts ayant une zone de réception dinstrument médical entourée par une pluralité de parois latérales, la zone de réception dinstrument médical étant dimensionnée pour recevoir au moins un instrument médical. Un filtre est fixé à lintérieur dune paroi de la première partie de contenant, le filtre étant en communication avec le compartiment intérieur et latmosphère extérieure.