DE SCHEPPER, Stefanie Helena,ARTS, Janine,VIALARD, Jorge Eduardo,ANDRIES, Luc Joseph
申请号：
ES06763480
公开号：
ES2607455T3
申请日:
2006.06.02
申请国别(地区):
ES
年份:
2017
代理人:
摘要：
A method for rational or structure-based design of an HDAC agonist or antagonist, using the interaction of an adapter protein containing a PH domain, a PTB domain, and a leucine zipper motif (APPL) or an APPL-related protein with a histone deacetylase enzyme (HDAC), wherein said method comprises the following steps: a) probing the structure of the ligand binding site in HDAC with APPL or APPL-related proteins； b) identifying the contact atoms at the binding site of the HDAC enzyme ligand that interacts with the APPL ligand during binding； c) designing test compounds that interact with the atoms identified in (b) to modulate HDAC enzyme activity and d) contacting said HDAC-designed test compound or a functional fragment thereof, to measure the ability of said compound, in order to modulate HDAC activity, in which the HDAC enzyme is an isolated polypeptide comprising the amino acid sequence of ID. OF SEC. No.: 5, ID. OF SEC. No.: 6, or ID. OF SEC. NO: 7, and wherein APPL or APPL-related protein is an isolated polypeptide comprising amino acid sequence of ID. OF SEC. No.: 2 or ID. OF SEC. No.: 3.Un método para el diseño racional o basado en la estructura de un agonista o antagonista de la HDAC, que utiliza la interacción de una proteína adaptadora que contiene un dominio de PH, un dominio de PTB y un motivo de cremallera de la leucina (APPL) o una proteína relacionada con la APPL con un enzima de histona deacetilasa (HDAC), donde dicho método comprende las siguientes etapas: a) sondear la estructura del sitio de unión del ligando en la HDAC con APPL o proteínas relacionadas con la APPL； b) identificar los átomos de contacto en el sitio de unión del ligando de la enzima de la HDAC que interactúa con el ligando de la APPL durante la unión； c) diseñar compuestos de prueba que interactúen con los átomos identificados en (b) para modular la actividad de la enzima de la HDAC y d) poner en contacto dicho compuesto de prueba diseñado con HDAC o un fragmento funcional de ella,
