The present invention relates to a method for manufacturing an anti-inflammatory composition using hydrogen water, and more particularly, to a method for manufacturing a composition having an anti-inflammatory effect, which comprises: a raw material preparation step for cleaning and preparing raw materials by using the hydrogen water; and a mixing step for mixing the raw materials prepared in the raw material preparation step at a predetermined ratio, wherein the raw materials include raw materials such as Curculigo orchioides, Epimedium koreanum, Taxillus chinensis, Phlomis umbrosa, Cibotium barometz, Astragalus propinquus, Angelica gigas, Carthamus tinctorius, Persicae Semen, Spatholobus suberectus, Clematis florida, Scorpiones, Gentiana macrophylla, myrrh, Achyranthes aspera, Corydalis yanhusuo, Piper longum, Asarum sieboldii and the like.본 발명은 수소수를 이용하는 항염증 조성물의 제조방법에 대한 것으로, 더욱 상세하게는 수소수를 사용하여 원료를 세척하여 준비하는 원료 준비단계와, 상기 원료 준비단계에서 준비된 원료를 일정 비율로 혼합하는 혼합단계를 포함하며, 상기 원료는 선모, 음양곽, 상기생, 속단, 구척, 황기, 당귀, 홍화, 도인, 계혈등, 위령선, 전갈, 진교, 몰약, 우슬, 현호색, 필발 및 세신 등을 포함하여, 항염증 효과를 가지는 조성물의 제조방법에 대한 것이다.