The invention provides a diagnostic kit comprising means to determine the presence in a sample of preferred strains the nitrogen-fixing bacteria Gluconacetobacter diazotrophicus (Gd) which are based upon the finding that such strains comprises unique nucleic acid sequences and other features, that are detectable, even in the presence of plant genomic DNA. Methods for using the kits in agriculture are also described and claimed.L'invention concerne une souche de Gluconacetobacter diazotrophicus (Gd) caractérisée par la présence d'au moins une séquence d'acide nucléique choisie parmi SEQ ID NOS 1 à 10 ou des variants ou des paralogues associés et/ou par la présence d'un seul plasmide d'environ 17566 bp en taille. De telles souches, par exemple IMI504853, sont utiles en agriculture, en particulier parce qu'elles peuvent coloniser les plantes de manière intracellulaire.