本发明涉及一种基因工程技术领域的青蒿AaMYBL1蛋白编码序列及其应用。所述青蒿MYB-like类转录因子编码序列AaMYBL1,所述编码序列编码的氨基酸序列如SEQ ID NO:4所示。本发明的编码R3MYB类转录因子AaMYBL1,参与调控青蒿腺毛的密度;利用转基因技术将青蒿AaMYBL1转录因子干扰载体转化青蒿可以有效调控青蒿表皮的腺毛密度,从而提高青蒿素的含量。在非转基因普通青蒿的叶片表皮腺毛密度为24个每平方毫米,抑制AaMYBL1基因表达的转基因青蒿的叶片腺毛密度提高到34个每平方毫米。而每片叶片总腺毛数量从61947个提高到93683个。与之对应的青蒿素含量从非转基因青蒿的8mg/g DW提高到12mg/g DW,该发明对于为青蒿素的规模化生产提供高产、稳定新药源具有重要意义。