本发明公开了一种利用水稻RAmy1A基因防止转基因花粉漂移的方法,包括以下步骤:将花粉特异性启动子和水稻RAmy1A基因连接至表达载体的目标T‑DNA区得到重组载体;水稻RAmy1A基因如SEQ ID NO.1所示;花粉特异性启动子为PNOP启动子,PNOP启动子的DNA序列如SEQ ID NO.2所示;将所述重组载体导入水稻愈伤组织中获得花粉败育的水稻植株。本发明利用水稻内源α淀粉酶基因构建花粉失活技术来防止转基因花粉漂移,将RAmy1A基因和花粉特异性启动子导入到水稻愈伤组织中,通过在花粉发育过程中高水平表达α淀粉酶,使花粉成熟过程中形成的淀粉粒不断降解。达到构建水稻普通核不育系种子的目的。