本发明涉及水稻TMS10基因的定点敲除系统及其应用。所述定点敲除系统如下，定点敲除系统包括CRISPR/Cas9系统和sgRNA靶点；sgRNA靶点为水稻雄性不育基因TMS10中含有PAM或NGG的序列；CRISPR/Cas9系统为CC‑TMS10‑1；CC‑TMS10‑1靶序列为SEQ ID NO.1序列的第2281位至第2299位。所述应用是：通过单独使用CC‑TMS10‑1对不同粳稻和籼稻品种的TMS10基因进行靶向敲除；实验证明，在不同水稻品种中定点敲除诱导产生的纯合突变转化植株表现出温敏雄性不育特征。本发明为创造基于水稻温敏雄性不育基因TMS10的温敏雄性不育系种质资源、水稻杂交制种提供高效的育种方式。
