The present invention relates to a composition for enhancing immune activity containing a cordycepin-protease conjugate as an active ingredient. More particularly, the present invention relates to a pharmaceutical composition, a health functional food composition, and a feed composition containing a conjugate obtained by binding cordycepin, a major component of Cordyceps militaris, with a protease, and a method for manufacturing the same. The cordycepin-protease conjugate of the present invention activates mitochondria, B cells, and T cells, thereby preventing cell death, promoting cell regeneration, and having an immune enhancing effect. The composition of the present invention is expected to have an increased immunity enhancement effect than that of the conventional cordycepin, and has a very small adverse effect on the human body, which can overcome the shortcomings of the conventional immune enhancing composition.본 발명은 코디세핀-단백질 분해 효소 접합체를 유효성분으로 함유하는 면역활성 증강용 조성물에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 동충하초 주성분인 코디세핀(Cordycepin)과 단백질 분해 효소(Protease)를 접합시킨 접합체를 유효성분으로 함유하는 약학적 조성물, 건강기능 식품 조성물, 사료 조성물 및 이의 제조 방법에 관한 것이다. 본 발명의 코디세핀-단백질분해효소 접합체는 미토콘드리아, B 세포 및 T 세포를 활성화 시킴으로써, 세포 사멸을 방지하고 세포 재생을 촉진하며, 면역 증강 효과를 가진다. 본 발명은 기존의 코디세핀 보다 더욱 증가된 면역 증강 효과를 기대할 수 있고, 인체에 부작용이 극히 적어 종래의 면역 증강용 조성물의 단점을 보완할 수 있다.