This invention relates to a method for separating the flavonoids from the main prenyl federated kkujippong for solving the above problems as, by using the centrifugal partition chromatography (centrifugal partition chromatography) provides a method for separating the flavonoids from the main prenyl federated kkujippong with less labor than with a small amount of solvent. CPC is a method for separating material using the affinity for the solvent of the material to be separated two layers consisting of a composition of various immiscible solvent, there is no loss of material to separate the sample because it does not use a fixed bed of a solid, is economical because it does not require large amounts of expensive solvents. Thus, the present invention is to see the main substance 6,8-prenyl kkujippong Oro (6,8-diprenylorobol), 6,8- di prenylamine genistein (6,8-diprenylgenistein) or 4- O - methyl Alfie num isoflavones (4- O -methylalpinumisoflavone) enables the mass production of prenyl flavonoids such as federated, food industry, medical field, in the industrial sector can broaden the applicability.본 발명은 상기한 문제점을 해결하기 위한 꾸지뽕으로부터 주요 프레닐레이티드 플라보노이드를 분리하는 방법으로서, 원심분리 분배 크로마토그래피( centrifugal partition chromatography)를 사용하여 적은양의 용매와 보다 적은 노동력으로 꾸지뽕으로부터 주요 프레닐레이티드 플라보노이드를 분리하는 방법을 제공한다.CPC는 분리하고자 하는 물질이 다양한 용매의 조성으로 이루어진 섞이지 않는 두층의 용매에 대한 친화력을 이용하여 물질을 분리하는 방법으로, 물질을 분리하는데 있어 고체의 고정상을 사용하지 않기 때문에 시료의 손실이 없고, 고가의 용매를 다량사용하지 않아도 되기 때문에 경제적이다. 따라서, 본 발명은 꾸지뽕의 주요 물질인 6,8-디프레닐오로볼(6,8-diprenylorobol), 6,8-디프레닐게니스테인(6,8-diprenylgenistein) 또는 4´-O-메틸알피눔이소플라본(4´-O-methylalpinumisoflavone)와 같은 프레닐레이티드 플라보노이드의 대량생산을 가능하게 하여, 식품분야, 의학분야, 산업분야에서의 활용 가능성을 넓힐 수 있다.