The present invention provides artificial nucleic acid molecules encoding at least one antigenic peptide or protein and at least one additional sequence targeting the antigenic peptides or proteins to cellular compartments of interest. Further, the invention provides pharmaceutical compositions or vaccines and kits comprising said nucleic acid molecules. The nucleic acid moleclues, pharmaceutical compositions or vaccines and kits are useful for treating a variety of diseases such as cancer, infectious diseases, autoimmune diseases, allergies or graft-versus host disease.La présente invention concerne de nouvelles molécules d'acide nucléique artificielles codant pour au moins un peptide ou une protéine antigénique et au moins une séquence supplémentaire ciblant de préférence les peptides ou protéines antigéniques à des compartiments cellulaires d'intérêt. En outre, l'invention concerne des compositions (pharmaceutiques) ou des vaccins et des kits comprenant lesdites molécules d'acide nucléique. Les molécules d'acide nucléique, les compositions (pharmaceutiques) ou les vaccins et les kits sont utiles pour traiter une variété de maladies telles que le cancer, les maladies infectieuses, les maladies auto-immunes, les allergies ou la maladie du greffon contre l'hôte.