本发明公开了一种高效表达口蹄疫病毒抗原基因的重组乳酸杆菌及其制备方法和应用,属于生物技术领域。本发明的重组乳酸杆菌含有在N端引入改造的乳酸杆菌信号肽基因并进行密码子优化的口蹄疫病毒VP1基因序列,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明对乳酸杆菌信号肽的结构进行改造,将改造的乳酸杆菌信号肽基因借一连接短肽GSGGSGG与密码子优化后的口蹄疫病毒VP1基因进行融合,将融合后的基因序列插入大肠杆菌-乳酸菌穿梭表达载体中,构建重组质粒pSIP/opti-FMDV-A/VP1,将pSIP/opti-FMDV-A/VP1重组质粒转化至乳酸杆菌。本发明针对重组乳酸杆菌表达系统,建立了适当改造信号肽结构以提高外源蛋白分泌效率的新思路和新方法,为进一步研发新型黏膜免疫疫苗提供理论依据和技术支持。